Imam Baqir as. wafat pada tanggal 7 Dzulhijjah tahun 114 H/733.Namun terdapat pendapat lain yang berbeda tentang tahun wafat dan kesyahidan Imam Baqir as.
Mengenai siapa orang yang telah membunuh Imam Baqir as., terdapat beberapa riwayat dan sejarah yang beragam. Sebagian sumber menyebutkan Hisyam bin Abdul Malik sebagai pembunuh Imam Baqir as. Sebagian lainnya menyebutkan Ibrahim bin Walid yang telah meracunnya. Riwayat lain mencatat Zaid bin Hasan sebagai pelaku pembunuhan, karena memiliki dendam lama terhadap Imam Baqir as. Yang jelas, wafat Imam Baqir as. terjadi pada masa pemerintahan Hisyam bin Abdul Malik. Hal ini karena Hisyam memerintah dari tahun 105 H/724 – 125 H/743 dan Imam Baqir as. wafat pada tahun 118 H/736.
Sekalipun terdapat riwayat yang berbeda-beda, namun tidak menutup kemungkinan semuanya adalah benar, karena bisa jadi pelaku pembunuhan terhadap Imam Baqir as. tersebut tidak hanya seorang. Dalam hal ini, setiap riwayat hanya menyebutkan salah satu dari pelaku pembunuhan saja. Dengan memperhatikan adanya kebencian Hisyam terhadap Imam Baqir as. dan permusuhan Bani Umayah terhadap keluarga Imam Ali bin Abi Thalib as., tidak diragukan lagi bahwa terdapat dugaan kuat Hisyam yang melakukan pembunuhan terhadap Imam Baqir as. secara tidak langsung dengan menyuruh orang lain. Dalam melaksanakan rencana jahatnya tersebut, Hisyam menggunakan kekuatan bawahannya yang dapat dipercaya. Hisyam menunjuk Ibrahim bin Walid yang masih bagian dari Bani Umayah dan memiliki permusuhan dengan Ahlulbait as. Ia memberikan perlengkapan kepada seseorang dari anggota rumah keluarga Imam Ali bin Abi Thalib as. yang tidak memiliki hambatan dalam lingkungan kehidupan Imam Baqir as., juga tidak ada seorang pun yang dapat menghalanginya. Sehingga dengan perantaraannya ia berhasil melaksanakan rencana licik Hisyam dan membunuh Imam Baqir as.
Imam Baqir as. dikuburkan di Baqi’ di samping kuburan ayahnya, Imam Sajjad as., dan kuburan paman dari ayahnya, Imam Hasan al-Mujtaba as,
